의학회의 전신인 분과학회협의회가 발의된 것은 1966년 5월 새로 취임한 의협 집행부(회장 명주완)에서 당시 34개 분과학회를 통괄할 기구의 필요성을 절감하고 진병호 학술이사에게 협의회 구성을 의뢰함으로써 비롯되었다.

그후 7월 14일에는 전국 의과대학장회의를 열어 협의회 구성을 구체화 시켰으며, 그해 9월 8일에는 의과대학장회의를 다시 열어 협의회 회칙을 심의 채택하는 한편 평의원을 선출한 다음 1966년 10월 6일 첫번째 평의원회를 개최하여 회장에 김성환, 부회장에 정일천, 간사에 정대협, 이수종, 남기용, 감사에 김기홍을 선출함으로써 발족되었다.

그리고 1967년 4월 정기총회에서 개정된 정관에 "학회는 필요에 따라 분과학회협의회를 구성할 수 있다"는 단서 규정을 신설함으로서 의협의 공식 기구로 인정을 받게 되었으며 1974년 정관 개정 때에는 시도지부협의회 및 군진지부협의회와 동격으로 구성하도록 정관 제9장에 협의회 조항이 신설되었으며, 그후 1988년 4월 29일 제40차 정기대의원총회에서 정관을 개정하여 분과학회협의회의 명칭을 의학회로 개칭하였다.

의학회는 분과학회협의회로 발족한 직후인 1966년 11월 5일 임시총회에서 구성한 기관지 발간 7인특별위원회와 조세대책 15인투쟁위원회에 김성환 회장이 참여한 것을 비롯하여 의협의 의학교육 및 학술진흥사업을 주도적으로 지원하여 왔으며, 의협이 주관하고 있는 전문의자격시험 업무의 지원 및 학회조성금 지원, 의학통계 조사사업, 기초의학 진흥 조성, 의학용어 제정사업, 종합학술대회 개최 지원, 졸업후 의학교육제도 개선 연구, 전공의 교육, 의과대학 교과목 학습목표 제정사업, 의사국가시험 과목 출제기준 작성사업 등을 시행하는 한편 의학회 고유사업으로 학회 운영 활성화 사업, 학회 분류체계 연구, 분쉬의학상 시상, 후지사와 연구장학금 지원, 국제학회 참가여비 보조 및 외국학자 초청여비 보조, 국제의학 심포지엄 개최, 암분야 연구사업(미국 NCI와 공동사업), 학술지 등급 평가사업, 의학 정보계도 사업, 영문잡지(JKMS) 발간, 의학교육자명록 발간 등의 활발한 학술활동을 전개해 왔으며, 특히 그동안 관 주도로 시행된 의사국가시험 업무의 민간단체 이관을 적극 추진하여 재단법인 한국의사국가시험원의 발족에 적극 기여 하였다.

그러나 상기 사업 중 암분야 연구사업은 국립암센터와 한미암공동연구협력위원회의 요청에 의하여 2000년 12월 국립암센터에 업무를 이관하였다.

의학회의 연도별 회원학회 현황은 별표 1과 같으며, 2001년 4월부터는 의학관련 학회 분류 기준에 따라 회원학회를 '가'군, '나'군, '다'군으로 재분류하였다. 설립 초창기 1년제를 적용해 오던 임원 임기를 1974년부터 의협 임원 임기와 같이 2년과 3년으로 바꾼 의학회 역대 임원은 별표 2와 같으며, 대한의학회 직명 영문 표기는 별표 3과 같다.